『シン・エヴァンゲリオン劇場版』を観る前にこれまで(：序、：破、：Q)の物語を振り返る！

『ヱヴァンゲリヲン新劇場版:破』

ゲンドウと共にシンジが母・碇ユイの墓参りに赴いた帰路、出現した第7の使徒を撃破したのは、エヴァンゲリオン2号機のパイロットの少女、式波・アスカ・ラングレーでした。エヴァのエリートパイロットであることに強いプライドをもつアスカは、シンジを「ナナヒカリ」と呼んできつくあたりますが、ミサトはパイロット同士の協調性を育むため、アスカも自宅へと住まわせ、二人の共同生活を開始させます。

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当初は、周囲に対して壁を作っていたアスカでしたが、学校やシンジとの共同生活、衛星軌道上から落下してくる第８の使徒を協力して撃破したこともあり、次第に心を開くようになっていきます。

一方、シンジとゲンドウの関係を気にかけていた綾波は、二人の親子仲を修復するために、ミサトやアスカ達も招いての大規模な食事会を計画。しかし、北米でエヴァ４号機が支部ごと消滅する事故の影響で、急遽日本に移送されてきたエヴァ３号機の稼働実験の日程が、その食事会の日と重なっていることが判明します。誰をパイロットにするかでミサトが頭を悩ませる中、それにいち早く気づいたアスカは、自ら稼働実験のテストパイロット役に志願。アスカの意図を察した綾波は、アスカに留守電で「ありがとう」のメッセージを残し、アスカも自身が少しずつ変わり始めていることを自覚します。

しかし、アスカが乗ったエヴァ３号機は、テストの瞬間使徒による侵食を受けて暴走。事故に巻き込まれたミサトに代わって戦闘指揮をとるゲンドウは、３号機を第９の使徒と認定し、初号機に撃破を命じますが、アスカが３号機に乗っていることを知るシンジは攻撃を行うことができません。その様子を見たゲンドウは、ダミープラグを起動させシンジから初号機のコントロールを奪い、暴走した初号機は瞬く間に３号機を蹂躙し、アスカが搭乗していたエントリープラグを噛み砕きます。

その後、アスカは一命を取り留めはしたものの、使徒の侵食を受けて意識不明のまま隔離措置を受けることに。一方、ゲンドウに対しての怒りを抑えきれないシンジは、初号機でNERV本部の破壊を試みるも失敗し、エヴァのパイロットを辞めてNERVから去ろうとします。

しかし、その矢先に第１０の使徒が襲来。零号機は修理が完全ではなく、アスカとシンジが不在という戦力不足の状況で、ユーロ支部から日本へと戻っていた真希波・マリ・イラストリアスがアスカに代わって２号機で出撃。人としての姿を捨てた獣化形態にエヴァを進化させて対抗しますが、第１０の使徒の圧倒的な戦闘力の前に歯が立ちません。シンジに戦わせないため、応急措置を済ませた零号機で綾波も出撃し、N2航空誘導弾を抱えての特攻を試みますが、これも失敗。さらに零号機ごと第１０の使徒に綾波が取り込まれるという、最悪の事態へと陥ってしまいます。

この光景を目の当たりにしたシンジは、自分の意思でNERV本部へと戻り、ゲンドウと対峙。自身がエヴァ初号機のパイロットであることを告げ、第１０の使徒に戦いを挑みます。初号機は当初、互角以上の戦いぶりを見せますが、活動限界時間を迎えたことで行動不能に陥ってしまいました。

しかし、綾波を取り戻したいというシンジの強い感情に応えるかのように、内部電源を使い果たしたはずの初号機は再起動。使徒を圧倒して捕食しながら、「神に近い存在」へと進化を始めます。使徒の影響を受けた零号機のコアを取り込んだことで、サードインパクトが始まるかに思われた矢先、渚カヲルの乗ったエヴァMark.06の放った槍が、初号機を貫いたのでした。