『ひぐらしのなく頃に』シリーズのこれまでのエピソードを総おさらい! 旧シリーズから新シリーズまではこんなことが起こっていた……!
暇潰し編
昭和53年。警視庁・公安部の新米刑事である赤坂衛は、建設大臣の孫である犬飼寿樹が誘拐された事件を受けて、ダム建設に反対する団体を調査するため雛見沢を訪れます。興宮署では、鬼ヶ淵同盟の事情に詳しい大石を紹介され、二人は互いに協力しあいながら調査を進めていくことを約束します。
観光客に扮して雛見沢村に足を踏み入れた赤坂は、バス停で眠りこけていた不思議な少女・古手梨花と出会います。東京から来た珍しい客人である赤坂に梨花はすぐになつき、一緒に雛見沢村を回ることになりました。
梨花の家でもある古手神社からは、雄大な自然に囲まれた雛見沢を一望できるようになっており、その景色に赤坂は感動を覚えます。同時に、そんな雛見沢がダムの底に沈んでしまうかもしれないことを残念がるのですが、梨花はダム建設の計画が必ず中止になると確信を抱いている様子でした。さらに梨花の雰囲気が一変したかと思うと、赤坂に対し「東京へ帰れ」と忠告します。
梨花の言っていたことが気になっていた赤坂でしたが、その晩には大石に紹介された情報屋から、すでに園崎家が重要機密であるはずの誘拐事件を把握しており、当主であるお魎が寿樹の処遇について言及していたという情報を入手します。さらに園崎家は、公安の捜査官が雛見沢に派遣されたという情報も掴んでいるようで、赤坂は園崎家への認識を改めさせられることになります。
その翌日、寿樹とものと思われる財布と病院の診察券が、すでに廃村となっているはずの高津戸で発見されました。大石と共に現場へと向かった赤坂は、途中で入江と遭遇。入江はその直前、犯人グループに頼まれて体調を崩していた寿樹を診察していた帰り道で、男たちを不信がっていました。
入江からの情報で、寿樹がいる確信を得た赤坂たちは、大石と共に犯人たちのアジトへと突入し、寿樹を保護することに成功。しかし赤坂は肩を撃たれて負傷し、絶体絶命の状況へと追い込まれてしまうのですが、すんでのところで駆けつけた大石に助けられ、窮地を脱します。
安堵感と共に気を失った赤坂は、雛見沢の診療所で治療を受けて目を覚まします。赤坂は東京に出産のため入院中の妻を残してきており、一度連絡を取ろうと公衆電話を探すのですが、どの電話機も電話線が切断されており繋がりません。
電話を探して雛見沢を歩き回っている内に、赤坂は梨花の姿を発見します。電話しても赤坂が悲しい想いをするだけだと話す梨花に、赤坂は梨花が電話線を切った犯人だと察します。さらに梨花は赤坂に対し、来年から雛見沢で殺人事件が起き、自分も殺されるという不気味な予言を口にするのでした。
そんな雛見沢での騒動のあと、東京に戻った赤坂でしたが、赤坂の妻は不慮の事故により亡くなっており、あの晩の梨花の不可解な行動の真意を知ることになります。
数年後、赤坂は警察を定年退職し、札幌に移住していた大石のもとを訪れます。雛見沢は猛毒の火山性ガスによって住民のほとんどが死亡した雛見沢大災害によって、現在は封鎖されていました。自分の死を予言した梨花の言葉が気になっていた赤坂は、梨花はガス災害が起きる前に遺体として発見されており、ガスではなく何者かの手によって殺された可能性が高いことを知ります。
梨花には未来を予知する能力があったのではないかと考える赤坂に対し、大石はなぜ梨花はその死から逃れようとしなかったのか、助けを請わなかったのかと疑念を抱きます。その時赤坂は、かつての梨花が発した「死にたくない」という言葉が、自分に向けたSOSであったことにようやく気づくのでした。