『ひぐらしのなく頃に』シリーズのこれまでのエピソードを総おさらい！旧シリーズから新シリーズまではこんなことが起こっていた……！

罪滅し編

　
圭一たちと部活メンバーと共に、平和で楽しい日々を送っていたレナ。しかし、父親の新しい恋人・間宮リナが現れるようになってから、居間がリフォームされ、レナの集めていた大切なコレクションが捨てられるなど、その日々に異変が起こり始めます。

ある日喫茶店を訪れたレナは、リナが鉄平とグルになって悪質な手口で借金を取り立てる現場を目撃します。さらに偶然同席した葛西から、リナが恐喝・賭博で生計を立てる、美人局の常習犯であるという正体を聞き出し、父が騙されていることを確信します。

ある日の学校の帰り、家でリナの姿を見たレナは、リナを避けるようにゴミ山へと向かいます。リナはレナの後を追い、父との再婚話を切り出そうしますが、レナは聞き終える前にその話を拒絶します。詐欺師であり、美人局のために父に近づいたことを言い当てられたリナは、本性を表してレナの殺害を試みます。レナは抵抗し、近くに落ちていた鉄パイプでリナを撲殺。さらに、リナの恋人として父を脅しにきていた鉄平も呼び出して殺害します。

翌日の学校の帰り、レナは部活メンバーと別れ、死体を解体して隠蔽するためゴミ山へと向かいます。しかしその日の部活では、ゴミ山で宝探しをすることになり、圭一たちは死体を解体する最中のレナを発見してしまいます。

部活メンバーに事情を打ち明けるレナ。どうして相談してくれなかったのかと圭一はレナに迫りますが、レナはどのみち圭一たちには何も出来なかったと断じます。それでも圭一たちは、レナの殺人を仲間として受け入れて共犯となる決断を下し、死体の隠蔽を手伝うのでした。

同じ頃、富竹と鷹野の遺体が発見され、レナは大石から富竹と鷹野が死んだことを知ることになります。レナは生前の鷹野から、オヤシロ様の祟りに関する研究が記載された秘蔵のスクラップ帳を渡されていました。鷹野のスクラップ帳に書かれていたのは、古くから雛見沢に伝えられる“鬼”が、寄生虫により発生した一瞬の伝染病であり、オヤシロ様はその治療を行った医者のような存在だということ。スクラップ帳の内容から、レナは鷹野を殺したのはオヤシロ様を強く信仰する人々であり、オヤシロ様復活のため寄生虫をばらまいて伝染病を復活させようとしているのではないかと考えるようになっていきます。

白いワゴン車に見張られていると感じたレナは、学校にそのワゴン車が止まり、知恵に書類を渡すのを確認します。レナは知恵がいなくなった瞬間を見計らって、書類に書かれていた事務所に電話をかけますが、その番号は現在使われていないものでした。

レナは学校を早退し、大石に自分の推理を打ち明けます。園崎組にレナの同行を追う動きを掴んでいたため、大石はレナの情報を信じるのですが、園崎組がレナを追いかけていたのは、友達の身を心配した魅音の計らいでした。しかし、そんな事情を知る由もないレナは園崎家への不信感を募らせていき、雛見沢に戻ってくる前に見ていた幻覚を再び見るようになっていきます。魅音すらも信じられなくなっているレナを心配し、説得を試みた圭一に対しても、圭一が隠していた過去の犯罪歴を突きつけ、もう仲間ではないと吐き捨てて去ってしまいます。

一方、圭一はいままで隠し事をしていたことを悔い、部活メンバーにすべてを打ち明けます。ところが魅音たちは、仲間でも隠しごとはあってもいい、皆の関係性は何も変わらないと、逆に圭一を諭します。その言葉を聞いた圭一は、仲間を信じられなくなったことで起こしてしまった惨劇の記憶を思い出します。突如号泣し始めた圭一に皆が戸惑う中、梨花だけはその言葉の意味を理解し、圭一を許します。レナがあの時の自分と同じ状態に陥っていると考えた圭一は、もう二度と仲間を疑わないこと、かつてのレナと魅音のように、惨劇の運命を打ち破るため最後まで抗うことを誓うのでした。

その頃、大石たちは園崎家と会談を行っていました。園崎家が入手していた鷹野のスクラップ帳の一部を確認した大石は、その内容の信憑性が低いと判断します。互いに誤解があったことを認めあった上で、レナの処遇についても密約を交わし、園崎家が富竹・鷹野殺しに関与している可能性が低いことも明らかになってきます。

その後、雛見沢分校にレナからの電話がかかり、知恵が呼び出されます。その知恵と入れ替わるように、レナが学校へと姿を現し、子どもたちを人質に学校への立てこもりを開始します。

寄生虫の正体を宇宙人による細菌テロだと考えるレナは、警察に寄生虫の研究施設の一斉捜査を要求。これが飲まれない場合は、校内中に撒いたガソリンを点火し人質ごと自殺し、指定の時刻を過ぎれば自動で発火装置が起動するといった脅しをかけます。

圭一はレナの味方になるフリをして大石と連絡を取り合い、盗聴器を受け取った圭一は、レナが仕掛けた時限発火装置を探すことに。校内を歩き回っている途中、レナに見つかってしまいますが、梨花が自ら囮となって圭一を逃します。

一方、装置が屋上にあることを沙都子から聞き出した圭一は、かつて悟史が使っていたバットを託され、屋上に駆け上がり発火装置のタイマーを止めることに成功します。結果、人質は救出されたものの、帰化したガソリンによって校内は依然危険な状態にあり、警察隊は突入に踏み切ることができません。そんな中、圭一を追ってレナも屋上へと上がってきます。

そして始まったのが、互いの望みをかけた一騎打ち。当初は、宇宙人による細菌テロを圭一にも信じさせようとしていたレナでしたが、圭一の呑気な要求を聞いていく内に、その思考に変化が起こり始めます。最後の打ち合いでは、レナが圭一のバットを弾きとばし、レナの勝利に終わりましたが、レナは自らの過ちに気づき、その場で泣き崩れます。レナが正気を取り戻したことに気づいた圭一は、仲間に相談することの大切さを説きながら、レナを抱きしめるのでした。

惨劇に打ち勝ち、平和が訪れたかに思われた雛見沢。しかし、梨花の元にやってきた大石から告げられたのは、富竹と鷹野の遺体が発見されたという、何度繰り返されたか分からない惨劇の合図でした。梨花は、自身を捕らえ続ける惨劇のループが、未だ終わっていないことを理解します。

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