『ひぐらしのなく頃に』シリーズのこれまでのエピソードを総おさらい！旧シリーズから新シリーズまではこんなことが起こっていた……！

皆殺し編

　
惨劇の運命を覆し、幸せな未来を掴むために、昭和58年の６月を何度も繰り返す梨花。梨花は、梨花にしか見ることができない、雛見沢の住人たちが「オヤシロ様」と崇める不思議な存在である羽入を呼び出します。梨花と羽入は、今回の目覚めが綿流しの２周間前であり、次第に巻き戻ることができる時間が短くなりつつあることに気づきます。

その後、魅音の叔父が経営する玩具屋でゲーム大会が開かれます。ループの中で何度も見てきた光景にうんざりした梨花は、圭一に大会の内容や、参加者の座席が起こるかを事細かに予言してみせます。圭一は、予言が完全に的中したことに驚きつつも、ゲーム内容を別のものに変更して欲しいと店主に頼み込み、運命は意思で変えることができるのだと主張します。

そんな圭一の言葉を証明するかのように、圭一・レナ・詩音がこれまでの世界の惨劇の記憶を継承し、大石が部活メンバーと仲良くなる、梨花を助けに赤坂が現れるなど、これまでの世界では見られなかった現象の数々が発生。梨花は再び希望を抱き、雛見沢症候群の研究を行う入江機関に協力を依頼し、特殊諜報部隊である山狗を動かして自身の護衛につかせます。惨劇を突破するための鍵が順調に揃いつつあると確信する梨花でしたが、不運にも沙都子の叔父である鉄平が雛見沢に戻ってきてしまいます。

鉄平が雛見沢に戻ってくると、沙都子の心は壊され、部活メンバーの誰かが鉄平を殺害する凶行に走ってしまうため、惨劇を回避することが非常に困難になります。梨花は赤坂に助けをもとめようとしますが、赤坂は温泉にいってしまい不在。山狗を動かして秘密裏に殺害するという案も、鉄平は別の容疑で警察にマークされており、山狗にも手が出せないという状況でした。

梨花が再び絶望する中、沙都子の様子を伺いに向かった知恵が鉄平に追い返された話を聞いた詩音は激昂し、鉄平を殺しに向かおうとするのですが、圭一が身を扮してそれを制止。鉄平を殺す以外での解決法を探す一同は、通報ではなく皆で児童相談所へと赴き、直談判をする決意を固めます。

しかし、過去の偽の通報歴、沙都子自身が虐待の事実を認めないという事情もあり、児童相談所は真剣に話を聞いてくれません。一度は心が折れそうになった圭一でしたが、梨花の必須の訴えを聞き再び奮起。雛見沢分校の生徒に教員、エンジェルモートの常連客とスタッフ、入江と鷹野らにも声をかけて次々と仲間を増やし、何度も直訴を重ねていきます。ただしその一方で、ダム戦争の遺恨から北条家を敵視する園崎家が、圭一たちの活動を快く思っていないことも明らかになります。

村の長老たちが集まる町会に出席した圭一は、役場と事を荒立てたくないと考えていた公由たちを説得し、お魎の了承を条件に協力の約束を取り付けます。園崎家に直談判に向かった圭一は、未だに北条家に対する遺恨を引きずっているお魎と激しい口論を交わし、あと一歩のところで追い返されてしまうのですが、直後にお魎からの許しが出たという報告を耳にします。お魎も内心では、北条家を許す機会をずっと伺っており、「圭一からの説得を受けた」という名目を必要としていたのでした。

町会の全面協力を得たことで、児童相談所前に雛見沢や興宮の住人たちが大勢集結し、沙都子を救うためのデモが始まります。町会を恐れた児童相談所の所長は、警察を動員してデモを解散させようとしますが、園崎家やお魎自身が動いたこともあって、沙都子本人さえ虐待を認めれば、即座に保護するという約束を取り付けることに成功します。

児童相談所からの電話を受けた沙都子は、鉄平から脅され、当初は虐待を告白することを躊躇いますが、圭一と梨花の言葉で勇気付けられ、ついに助けを求めます。激昂した鉄平は沙都子を暴行しようとしますが、リナ殺しの容疑で予め鉄平をマークしていた大石が、即座に待機していた警官を突入させ、その身柄を拘束します。結果として沙都子は保護され、北条家を長く苦しめ続けてきたダム戦争が本当の意味で集結したことになります。

そして迎えた綿流しの当日、梨花は鷹野の富竹が殺されることを再び忠告しますが、やはり本気で聞き入れてはもらえません。梨花は大石や部活メンバーにも相談し、鷹野と富竹とできる限り共に行動し、惨劇の発生を未然に防ごうとします。

しかし、部活メンバーと別れたあと鷹野はその本性を現します。山狗に富竹を拘束させ、自身の計画への賛同を要求しますが、富竹はそれを拒否。鷹野は雛見沢症候群を末期まで進行させる薬物を注射して富竹を殺害し、偽装死体を用意して自身が死んでいるように見せかけます。

翌日、梨花は大石から鷹野と富竹の遺体が発見されたという報告を受けます。さらに検死による遺体の死亡時刻と、鷹野が生きていたはずの時間の食い違いから、その遺体が偽装されたものである可能性を告げられ、鷹野が犯人かもしれないという疑いを持ち始めます。しかし、鷹野と繋がっている山狗の隊長である小此木からは、入江が犯人であるという報告も受けることになります。

梨花は他に信用できる人物として、大石に協力を要請。さらに部活メンバーに対して、一度感染すると疑心暗鬼に陥り、周囲を敵だと思いこむようになる雛見沢特有の風土病である「雛見沢症候群」、その研究を行う「入江機関」と、そのスポンサーである「東京」、入江機関を監視する特殊部隊「山狗」の存在、さらに梨花が雛見沢症候群の発生を抑える「女王感染者」であるなど、自身が知るすべての真実を明かします。話を聞いた部活メンバーは、すぐに梨花の話を信用すると、犯人が鷹野である可能性が高いことも言い当てます。もっとも心強い仲間たちの協力を得られたことに、梨花は安堵します。

同じ頃、梨花の家に向かう大石は、途中で山狗が使う車両を発見。不審に思い、身元を確認しようとしますが、別の場所に待機していた狙撃手に頭部を撃ち抜かれて殺されてしまいます。

大石の到着が遅いことを心配する圭一たちでしたが、交代の刑事が到着し、時間も遅くなったため一度家へと帰されることに。しかしその晩、鷹野の計画はついに実行へと移され、見張りについていた刑事は山狗に殺されてしまいます。事態を察知した梨花は、沙都子と共に家を逃げ出し、襲いかかってきた男の服装から、鷹野と山狗が犯人であるという確信を得ます。

ようやく掴んだ真相の記憶を引き継ぐためにも、死にたくないと強く誓う梨花でしたが、自ら囮になって梨花を逃がそうとする沙都子を見捨てることはできず、窮地へと陥ります。そんな梨花を救ったのは、家に帰ったはずの圭一たちでした。圭一たちは、レナの予感に従い、各々が武器を持参して再度集まっていたのです。梨花は圭一達と共に、雛見沢でもっとも安全な場所である園崎本家の地下祭具殿を目指します。

その途中、山狗が使用している車両を発見し、闘争のため車両の強奪を試みます。今回こそ運命を変えられると確信した梨花でしたが、先頭を走っていた圭一が、鷹野が放った銃弾の前に倒れてしまいます。圭一の意思を汲んだレナは、残りの面々を引き連れてその場から逃げ出しますが、魅音、レナ、詩音、そして沙都子、そして最後には梨花までも殺されてしまいます。奇跡が起きなかった理由が、自身がただ一人奇跡を信じなかったことにあったと気づいた羽入は、自身も共に惨劇の運命へと立ち向かう決意を固めます。

一方、鷹野は女王感染者が死亡した際に用意された緊急マニュアル第３４号に乗っ取り、雛見沢中の村人を毒ガスで殺害。後にオヤシロ様の祟りとして言い伝えられる「雛見沢大災害」を引き起こすと、自身がオヤシロ様へと成り代わったこと確信し、高らかに笑うのでした。

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